Das Design des Kinkaku-ji soll die Kitayama-Kultur, die in Yoshimitsus Zeit in den aristokratischen Kreisen von Kyoto blühte, visuell darstellen. Das Gebäude ist drei Stockwerke hoch, von denen jedes einen anderen architektonischen Stil widerspiegelt. Das erste Stockwerk, bekannt als die Kammer der Dharma-Gewässer, ist im Shinden-Stil der Paläste der Heian-Zeit erbaut und dient als Empfangsbereich. Das zweite Stockwerk, der Turm der Schallwellen, ist im Stil einer Samurai-Residenz (Bukke-Zukuri) erbaut. Das dritte Stockwerk, die Kuppel der Leere, ist im Stil einer Zen-Tempelhalle (Zenshū-Butsuden-Zukuri) erbaut und innen wie außen mit Blattgold verziert. Auf der Spitze des Pavillons befindet sich ein bronzener Phönix, der die Schönheit und die symbolische Bedeutung des Gebäudes noch verstärkt. Die umliegende Landschaft ist sorgfältig gestaltet, um den Pavillon zu ergänzen und eine harmonische Verbindung von Natur und Architektur zu schaffen.