Projekt Kinkaku-ji ma wizualnie reprezentować kulturę Kitayama, która rozkwitała w arystokratycznych kręgach Kioto za czasów Yoshimitsu. Konstrukcja ma trzy piętra, z których każde odzwierciedla inny styl architektoniczny. Pierwsze piętro, znane jako Komnata Wód Dharmy, jest zbudowane w stylu Shinden używanym w pałacach z okresu Heian i służy jako obszar recepcyjny. Drugie piętro, zwane Wieżą Fal Dźwiękowych, jest zbudowane w stylu rezydencji samurajskiej (bukke-zukuri). Trzecie piętro, zwane Kopułą Pustki, jest zbudowane w stylu sali świątyni zen (zenshū-butsuden-zukuri) i jest ozdobione płatkami złota zarówno wewnątrz, jak i na zewnątrz. Na szczycie pawilonu znajduje się brązowy feniks, który dodatkowo podkreśla piękno budynku i jego symboliczne znaczenie. Otaczający krajobraz został starannie zaprojektowany, aby uzupełniać pawilon, tworząc harmonijne połączenie natury i architektury.