Początki Krypty Kapucynów sięgają 1631 roku, kiedy to bracia kapucyni przenieśli szczątki swoich zmarłych braci z pierwotnego klasztoru do nowo wybudowanego kościoła Santa Maria della Concezione dei Cappuccini. Brat Michele z Bergamo nadzorował układanie kości. Bracia, prowadząc życie w ubóstwie i prostocie, postrzegali kryptę jako przypomnienie o własnej śmiertelności i przemijającej naturze ziemskiej egzystencji. Na przestrzeni wieków krypta ewoluowała do obecnej formy, a kości zostały artystycznie ułożone, tworząc symboliczne i dekoracyjne ekspozycje. Krypta służyła nie tylko jako miejsce pochówku, ale także jako miejsce medytacji i refleksji dla braci i zwiedzających. Dziś Krypta Kapucynów pozostaje wyjątkowym i fascynującym miejscem, przyciągającym turystów z całego świata, którzy przybywają, aby kontemplować przesłanie życia, śmierci i duchowości.