Kinkaku-ji tem um passado rico e histórico, originalmente construído em 1397 como uma vila de aposentadoria para o Shogun Ashikaga Yoshimitsu. Yoshimitsu pretendia criar um refúgio luxuoso refletindo a cultura Kitayama da época, que misturava elementos aristocráticos e religiosos. Após a morte de Yoshimitsu em 1408, a vila foi convertida em um templo budista Zen por seu filho, seguindo os desejos de Yoshimitsu. Durante a Guerra Onin (1467-1477), grande parte do complexo foi destruída pelo fogo, mas o próprio Pavilhão Dourado sobreviveu. Um evento significativo ocorreu em 1950, quando um jovem monge, Mizoguchi, incendiou o pavilhão, resultando em sua completa destruição. Este ato chocou o Japão e tornou-se tema do romance de Yukio Mishima "O Templo do Pavilhão Dourado". O pavilhão foi reconstruído em 1955, replicando fielmente o projeto original, e desde então se tornou um dos marcos mais icônicos do Japão.