As origens da Cripta dos Capuchinhos remontam a 1631, quando os frades capuchinhos transferiram os restos mortais de seus irmãos falecidos do mosteiro original para a recém-construída igreja de Santa Maria della Concezione dei Cappuccini. O irmão Michele de Bergamo supervisionou a disposição dos ossos. Os frades, abraçando uma vida de pobreza e simplicidade, viam a cripta como um lembrete de sua própria mortalidade e da natureza transitória da existência terrena. Ao longo dos séculos, a cripta evoluiu para sua forma atual, com os ossos sendo artisticamente dispostos para criar exibições simbólicas e decorativas. A cripta serviu não apenas como um local de sepultamento, mas também como um local de meditação e reflexão para os frades e visitantes. Hoje, a Cripta dos Capuchinhos continua a ser um local único e atraente, atraindo visitantes de todo o mundo que vêm contemplar a sua mensagem de vida, morte e espiritualidade.