Дизайн Кинкаку-дзи призван визуально представить культуру Китаяма, которая процветала в аристократических кругах Киото во времена Ёсимицу. Сооружение имеет три этажа, каждый из которых отражает свой архитектурный стиль. Первый этаж, известный как Палата Вод Дхармы, построен в стиле синдэн, использовавшемся во дворцах периода Хэйан, и служит приемной. Второй этаж, называемый Башней Звуковых Волн, построен в стиле самурайской резиденции (букке-дзукури). Третий этаж, названный Куполом Пустоты, построен в стиле зала храма Дзэн (дзенсю-буцуден-дзукури) и украшен сусальным золотом как внутри, так и снаружи. На вершине павильона находится бронзовый феникс, еще больше подчеркивающий красоту и символическое значение здания. Окружающий пейзаж тщательно спроектирован, чтобы дополнить павильон, создавая гармоничное сочетание природы и архитектуры.