Kinkaku-ji'nin tasarımı, Yoshimitsu döneminde Kyoto'nun aristokrat çevrelerinde gelişen Kitayama kültürünü görsel olarak temsil etmeyi amaçlamaktadır. Yapı, her biri farklı bir mimari stili yansıtan üç katlıdır. Dharma Sularının Odası olarak bilinen birinci kat, Heian dönemi saraylarında kullanılan Shinden tarzında inşa edilmiştir ve bir resepsiyon alanı olarak hizmet vermektedir. Ses Dalgaları Kulesi olarak adlandırılan ikinci kat, bir samuray konutu (bukke-zukuri) tarzında inşa edilmiştir. Üçüncü kat, Boşluk Kubbesi olarak adlandırılır, bir Zen tapınak salonu (zenshū-butsuden-zukuri) tarzında inşa edilmiştir ve içi ve dışı altın varakla süslenmiştir. Köşkün tepesinde, binanın güzelliğini ve sembolik önemini daha da artıran bronz bir anka kuşu bulunmaktadır. Çevredeki manzara, köşk ile uyumlu bir şekilde doğa ve mimarinin ahenkli bir karışımını yaratmak için özenle tasarlanmıştır.