Дизайн Кінкаку-дзі має на меті візуально представити культуру Кітаяма, яка процвітала в аристократичних колах Кіото за часів Йосіміцу. Будівля має три поверхи, кожен з яких відображає різний архітектурний стиль. Перший поверх, відомий як Зала Вод Дхарми, побудований у стилі Шінден, який використовувався в палацах періоду Хейан, і служить зоною прийому. Другий поверх, що називається Вежею Звукових Хвиль, побудований у стилі самурайської резиденції (букке-дзукурі). Третій поверх, названий Куполом Порожнечі, побудований у стилі залу дзенського храму (дзеншю-буцуден-дзукурі) і прикрашений золотою фольгою як всередині, так і зовні. На вершині павільйону сидить бронзовий фенікс, що ще більше підкреслює красу та символічне значення будівлі. Навколишній ландшафт ретельно розроблений, щоб доповнювати павільйон, створюючи гармонійне поєднання природи та архітектури.