У крипті капуцинів відвідувачі побачать шість невеликих каплиць, кожна з яких прикрашена кістками ченців-капуцинів. Перша каплиця служить зоною привітання. У крипті Воскресіння є панно, на якому зображено воскресіння Лазаря. У костниці містяться лише кістки, без прикрашених фігур. У крипті черепів і тазів, як і очікувалося, є черепи і тази, розташовані як прикраси. Мабуть, найбільш вражаючою є крипта кісток ніг і стегон, де ці кістки утворюють складні візерунки та малюнки. У каплиці Маси знаходиться тіло святого Фелікса Нікосійського. У крипті є табличка з цитатою: «Те, ким ви є зараз, колись були ми; те, ким ми є зараз, будете ви».