Kinkaku-ji a un passé riche et historique, construit à l'origine en 1397 comme villa de retraite pour le shogun Ashikaga Yoshimitsu. Yoshimitsu visait à créer une retraite somptueuse reflétant la culture Kitayama de l'époque, qui mélangeait des éléments aristocratiques et religieux. Après la mort de Yoshimitsu en 1408, la villa a été transformée en temple bouddhiste zen par son fils, conformément aux souhaits de Yoshimitsu. Pendant la guerre d'Ōnin (1467-1477), une grande partie du complexe a été détruite par un incendie, mais le Pavillon d'or lui-même a survécu. Un événement important s'est produit en 1950 lorsqu'un jeune moine, Mizoguchi, a incendié le pavillon, entraînant sa destruction complète. Cet acte a choqué le Japon et est devenu le sujet du roman de Yukio Mishima "Le Pavillon d'or". Le pavillon a été reconstruit en 1955, reproduisant fidèlement la conception originale, et est depuis devenu l'un des monuments les plus emblématiques du Japon.