Il momento migliore per visitare la Basilica Cisterna è la mattina presto, subito dopo l'apertura (09:00-10:30), soprattutto nei giorni feriali, quando la cisterna è più tranquilla e ideale per la fotografia. Il tardo pomeriggio (16:30-18:30) è un'altra buona opzione, quando la folla inizia a diradarsi.
Per un'esperienza più suggestiva, visita durante il turno di notte (19:30-22:00), che offre un ambiente più tranquillo e richiede un biglietto separato.
Evita i fine settimana, i giorni festivi e le ore centrali della giornata (11:00-15:00), quando il numero di visitatori è maggiore. La bassa stagione (ottobre-aprile) è generalmente meno affollata e più rilassante.